La Prefectura comparte la historia bicentenaria de nuestro país, de modo que los avatares de su trayectoria están entrelazados con los de nuestro devenir. Su misión, es esencialmente humanitaria y dedicada, a grandes rasgos y sin limitaciones, a la salvaguarda de la vida y bienes en las aguas, la seguridad pública, la protección de buques e instalaciones portuarias, la preservación del medio ambiente, la facilitación del transporte marítimo y el sinnúmero de cuestiones técnicas y jurídicas vinculadas a tan importantes cometidos.

El Sistema Educativo de la Prefectura Naval Argentina, inserto en el marco del Sistema Educativo Nacional a través de los lineamientos establecidos por la Ley de Educación Superior, capacita a los recursos humanos de esta Prefectura con la finalidad que ellos realicen las actividades propias de una fuerza de seguridad especializada aplicando la tecnología disponible y así cumplir con las responsabilidades asignadas por ley.

Considerando que uno de las recursos estratégicos con mayor importancia dentro de la Prefectura es el recurso humano con el que se cuenta, el sistema educativo se ha fundamentado en principios éticos y profesionales como lo son la defensa del sistema democrático de gobierno y sus instituciones, la valoración de los derechos humanos, la prestación de un servicio de calidad y vocación de entrega permanente.

Para lograr una formación de calidad y excelencia, actualizada y de pertenencia con la misión y función de la Prefectura, se ha establecido en todos los niveles del proceso educativo la modernización y transformación gradual progresiva, prospectiva y sistemática de los componentes, medios y recursos que se disponen para tal fin. Consiguiendo una educación integral, permanente y periódicamente adaptada a la evolución de los conocimientos científicos y técnicos aplicables a las distintas actividades y funciones institucionales.

De este modo, el Instituto Universitario de Seguridad Marítima de la Prefectura Naval Argentina a través de los Institutos de Formación, Departamento Académico Escuela de Oficiales "General Matías de Irigoyen" donde se forman los futuros Oficiales y Departamento Académico Escuela de Suboficiales "Coronel Martín Jacobo Thomson" donde se forman los futuros Suboficiales de la Institución, cumple con la tarea de formar personal en número, calidad de tecnificación y especialización adecuada.

Del Departamento Académico Escuela de Oficiales, los ciudadanos de ambos sexos egresan como Oficiales Ayudantes con el título de grado Universitario de Licenciado en Seguridad Marítima, Licenciado en Administración y Contabilidad del Sector Público con Orientación en Administración Marítima o de Pregrado de Analista Universitario en Seguridad del Trabajo en Buques y Ámbito Portuario.

Por su parte del Departamento Académico Escuela de Suboficiales, los ciudadanos de ambos sexos, egresan con el grado de Cabo Segundo con el titulo de Pregrado de Técnico Universitario. Ambos Departamentos Académicos, conjuntamente con los Centros de Capacitación de Marineros del Cuerpo Complementario constituyen el primer escalón que los ciudadanos eligen para ingresar a la vida institucional.