La PREFECTURA NAVAL ARGENTINA educa para el CUMPLIMIENTO DE LA MISIÓN INSTITUCIONAL. Para ello posee un Sistema Educativo cuya finalidad es desarrollar y garantizar la Formación, Capacitación, Actualización y Perfeccionamiento de todo el personal en un marco de pleno compromiso con las demandas sociales, las necesidades institucionales, la vigencia de las garantías constitucionales, el respeto de los derechos humanos, el afianzamiento de valores, liderazgo y ejercicio de la autoridad.
Nuestro referente no sólo en el ámbito para la formación e investigación en carreras de pregrado, grado y posgrado, sino además, en un espacio para crear y difundir un estado de conciencia de los valores compartidos socialmente y sobre temas que hoy son críticos para la comunidad en su conjunto.
Una estructura creada como comunidad virtual, la cual está orientada a desarrollar actividades académicas de la Dirección de Educación, en todas sus formas. Es un espacio especialmente orientado para que los estudiantes y alumnos de los cursos dados en línea, puedan tener acceso al material de apoyo y a las notas necesarias para poder estudiar y aprobar dicho curso.
Un espacio para la formación y capacitación para el personal embarcado de la Marina Mercante, contando para ello con treinta Escuelas de Formación y Capacitación (EFOCAPEMM) distribuidas en Dependencias de la Prefectura Naval Argentina a lo largo de todo el país las cuales dictan cursos dirigido a ciudadanos que cuenten con Título Secundario.